Etat d'avancement du projet - janvier 2014

Axe 2, Détermination des paramètres environnementaux, de l'hôte et des pratiques d'élevage sur la transmission des maladies et les mortalités d'huîtres:

Milieu contrôlé:

Suite aux travaux de Petton et al. (2013), l’effet de plusieurs combinaisons de température et de durée d’exposition sur la survie des huîtres exposées à OsHV-1 et la détection d’agent infectieux a été testé. La discussion a porté sur le fait que des températures basses (<13°C) limiteraient  l’expression de la maladie via la physiologie de l’hôte, alors que des températures élevées (>30°C) agiraient directement sur le virus. Un plan expérimental visant à examiner les effets de la taille des huîtres, de la croissance et de la ration alimentaire est en cours d'élaboration pour 2014.

Des expériences ont été mise en œuvre pour définir les paramètres épidémiologiques de V. aestuarianus qu’il faut dorénavant décliner sous différentes conditions environnementales (température, salinité). Pour cela, la définition de plans d’expériences factoriels, emboités et non-équilibrés a été discuté en groupe. D’autre part, la transmission de OsHV-1 des huîtres infectées par injection vers des huîtres saines placées en cohabitation a été évaluée en milieu contrôlé, sans renouvellement d’eau (conditions stagnantes), en fonction de la distance et du temps de contact par l’eau de mer. L’intérêt de la PCR PMA comme outil diagnostic permettant de mettre en évidence du virus enveloppé (donc « actif ») a été discuté. Des expériences seront mises en œuvre en 2014 pour évaluer le rôle du sédiment et du phytoplancton dans la transmission de OsHV-1. Une expérience préliminaire a été réalisé avec du sable de Fontainebleau.

Milieu naturel:

Le suivi spatial et temporel des mortalités d’huîtres creuses, des agents infectieux et des paramètres environnementaux dans le Mor-Braz s'est achevé le 26 septembre 2013 (cliquez ici pour voir les résultats du suivi en temps réel). Les mortalités ont été enregistrées sur 14 stations parmi 46 suivies. La plupart des stations touchées sont proches de la côte, suggérant que l'épizootie qui touche les naissains d'huître trouve son origine dans les zones d'élevage et se propage graduellement vers le large.

Les mortalités ne sont pas forcement représentatives de l'emprise spatiale de la maladie. Une partie des huîtres maintenues en milieu naturel sur chaque station a été exposés à une épreuve "thermique" en laboratoire pendant 14 jours, au cours desquels la survie a été suivie quotidiennement. Cette épreuve permet de mettre en évidence le portage "asymptomatique" de la maladie. Les résultats de l'épreuve sont sans ambiguïté: les huîtres ont été touchées par la maladie sur toutes les stations étudiées au moins une fois pendant la période d'étude. A titre d'exemple, la carte ci-bas montre que les mortalités d'huîtres exposées à l'épreuve thermique de laboratoire le 14 juin 2013 touchent 26 stations, alors que les mortalités démarraient en milieu naturel sur la station 9 uniquement.

L'analyse de la dynamique spatiale et temporelle des mortalités dans le Mor-Braz en lien avec (1) la détection d'agents pathogènes en laboratoire et (2) les facteurs environnementaux est en cours et fait l'objet d'une thèse qui a démarrée en octobre 2013. Une analyse préliminaire à fait l'objet d'un mémoire de master II.

Les caractéristiques des sites d’études et plans d’échantillonnage 2014 sont en cours d'élaboration pour la Baie des Veys (BdV) et la Baie de Bourgneuf (BdB). En BdV, il est proposé d’étudier la dynamique spatiotemporelle à grande échelle selon un premier gradient d’éloignement vis-à-vis des élevages et courants dominants (Est-Ouest) et un second un gradient « d’influence estuarienne », côte/large (Nord-Sud). De plus, il est proposé d’étudier la dynamique spatiotemporelle des mortalités et des maladies dans les parcs à huîtres. Le protocole inclurait naissains et adultes. Le protocole est à affiner, notamment en tenant compte des souhaits des acteurs locaux.

En BdB, il est proposé d’étudier la dynamique de l’infection et de la mortalité en tenant compte (1) de la variabilité à petite échelle des paramètres environnementaux et (2) de la proximité avec les huîtres sauvages et/ou cultivées. Comme pour la BdV, le protocole est à affiner.

Les protocoles mis en œuvre en 2014 permettront d’aborder des questions différentes de celles qui ont été abordées en 2013 dans le Mor-Braz.

Axe 3, Modélisation et simulation de mesures de maîtrise des maladiesA partir des données acquises dans l'axe 2 in labo, il a été possible de définir le paramètre R0, ou taux de reproduction de base de l’agent infectieux V. aestuarianus. Ce paramètre est essentiel à la construction d’un modèle épidémiologique en boîte de type SIR, SWIR ou SEIR. D’autre part, la variabilité (i.e. précision de la prédiction) de R0 liée à l’incertitude associée aux paramètres de transmission a été évaluée ainsi que sa sensibilité. L’évolution temporelle du nombre d’individus S, I, et R lorsque l’on introduit une huître infectée dans une population de 100000 individus a été simulée. Il reste à estimer plusieurs jeux de paramètres sur plusieurs populations homogènes pour représenter une méta-population d’huîtres hétérogène, inclure l’influence des facteurs environnementaux, inclure la structure de contact = stocks + mouvements d’huîtres et à coupler le modèle SIR avec l’hydrodynamique.

Les simulations de transport de OsHV-1 dans le Mor-Braz lors du suivi spatialisé des mortalités d’huîtres ont été présentées. Les résultats de ces simulations doivent être validés par les analyses de OsHV-1 dans l’eau de mer et les épreuves thermiques conduites dans l'axe 2.

Finalement, un modèle construit pour évaluer la propagation d'un agent pathogène entre deux fermes aquacoles a été présenté à des fins pédagogiques. Il s’agit d’une démonstration qui a été faite à destination de professeurs des collèges/lycée dans le cadre de l’Université d’été Mer-éducation fin août 2013 à Brest. Ce modèle permet de tester en particulier l'effet de la distance entre deux fermes sur l'infection des animaux de l'une d'entre elles, à l'origine exempte d'infection, à partir du développement de l'infection de l'autre.

Les principes et paramètres nécessaires à la modélisation bioéconomique ont été définis. Globalement, l’objectif est de modéliser les réponses des ostréiculteurs  au risque de mortalité et évaluer des scénarios permettant de se prémunir du risque de mortalité et/ou surproduction. Un modèle bioéconomique permet de faire le lien entre l’écosystème et le comportement des ostréiculteurs. Pour proposer un modèle stylisé, il est nécessaire et urgent d’obtenir :

  • Une loi de distribution de probabilité de mortalité de l’huître creuse: il a été suggéré pour cela d’utiliser les données RESCO/observatoire conchylicole obtenue au cours des 5 dernières années sur 13 sites en France, sur le naissain et les adultes.
  • Les coûts d’approvisionnement en naissain d’huître. Ces coûts seront obtenus dans le cadre de l'axe 1.Dans l’attente d’un exercice de modélisation réaliste, des simulations sur la base d’hypothèses réalistes seront lancées.
Axe 4, Synthèse et transfère des connaissances

Cet axe de recherche, qui arrive plutôt en fin de projet, consiste en deux éléments importants : une évaluation de l’acceptabilité et de la faisabilité des scénarii de maîtrise proposés et un guide de bonnes pratiques pour une conchyliculture durable. Des entretiens individuels avec les professionnels ont été prévus dans le cahier des charges de la proposition Gigassat, mais leur mise en œuvre opérationnelle n’a pas encore été abordée. Un travail méthodologique en amont devra être  réalisé et validé avant d’engager les entretiens. Comment communiquer les résultats acquis au sein du projet à la profession, et comment échanger ? Cette question a été largement débattue.